Byla založena už roku 1280, jak dokládá zpráva inzerovaná v listině ze 1473. A dokládají to rovněž biskupské odpustky pro kapli Corporis Christi ve Slavonicích z roku 1292 a jejich potvrzení roku 1296 olomouckým biskupem. Zasvěcení kaple Božímu tělu bylo tehdy ojedinělým činem v Čechách.
Původně založená kaple z konce 13. století byla zřejmě ve stávajícím rozsahu, ale s nižší výškou klenby presbytáře a asi o obdélné, původně plochostropé lodi. Původní klenbu nesly oblé přípory s dolní částí ve tvaru na špičku postaveného kužele a stěny členily zalamované římsy. Při obléhání města husitský hejtman Jan z Vícemilic vypálil kostel, který byl na náklady města obnoven a nově vysvěcen už roku 1437 " presbytář byl zvýšen a nově zaklenut síťovou klenbou parléřovského typu (vzorem vysoký chór chrámu sv. Víta v Praze) a opraveny vnější zdi.
Už roku 1475 se připravuje dostavba kostela " byly slíbeny odpustky všem, kteří přispějí nebo se budou podílet na další stavbě kostela, který byl nově vysvěcen roku 1491. V této době za vlády uměnímilovného Jindřicha IV. z Hradce docházelo na jeho državách k přestavbám jednolodních kostelů ve dvoulodní dle rožmberského vzoru. Stavební huť, která patrně nejprve působila na stavbě kostela sv. Jakuba v Telči, pracovala poté v oblasti Slavonic: v kostele Božího těla byla loď nadstavěna a rozdělena osmibokými pilíři na dvoulodní prostor sklenutý pozdě gotickou hvězdovou klenbou (ve dvou středových polích) a křížovou obkročnou klenbou (ve čtyřech krajních polích), s novými vstupními portály. Klenební žebra se zasekávají přímo do pilířů a zdí, jsou tenká a sražená. Kromě vstupních portálů se zachovaly i kamenné menzy oltářů. V souvislosti se zaklenutím kostela byly k lodi přistavěny pultovou stříškou zakončené opěrné pilíře. Tehdy bylo upravováno také západní průčelí, do něhož byl zasazen pravoúhlý portál s přesekávanými pruty.
Ve druhé polovině 16. století se kostel stal protestantským pod názvem kostel svatého Ducha a zřejmě byla zřízena kruchta. Ve třetí čtvrtině 17. století byla přistavěna severní boční loď, dokončená roku 1677, a roku 1820 vznikla jižní Loretánská kaple.
Z interiérové výbavy je pozoruhodný rokokový poutní oltář božího Těla slavonického sochaře a řezbáře Jana Schauera z roku 1780, původně byl umístěn ve středu lodi před triumfálním obloukem, hlavní oltář je patrně raně barokní, s mladším hlavním obrazem Korunování Panny Marie z roku 1771 od F. L. Deisseingera. Na středu boční lodi je oltář sv. Floriána a sv. Rozálie s malovaným iluzivním pozadím. Pouze z historických zpráv víme o malbách na vnějších zdech kostela s náměty sv. Veroniky a sv. Kryštofa (1933 nahrazena mozaikou). Na vnější straně čelní zdi presbytáře jsou dosud patrné zbytky malby Panny Marie.
Už koncem 15. století se u kostela uvádí poustevna situovaná proti hlavnímu vchodu, kde dodnes stojí obytný dům. Byla zrušena až v roce 1786.
Zachovalo se: